理事会承担决策职能，由理事长召集并主持定期理事会会议，对基金会战略规划、年度计划、预算等重大事项进行审议和审批。

秘书处为基金会的执行机构，负责人为秘书长，由理事会从理事中选举产生，负责秘书处日常工作。秘书处下设项目执行、行政、财税法务等部门。